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加州大学团队为小分子打造“搜索引擎”,2秒内完成10亿张质谱图的比对

发表于 2024-02-27 04:17:40 来源:巩义市恒裕机械制造有限公司
但是,相当于可以在五分钟内完成过去一年的数据分析。课题组已经从公共数据库搜集并整理了近十亿张代谢物的质谱谱图。通过质谱图来寻找特定的分子 。

参考资料:

1.Li, Y., Fiehn, O. Flash entropy search to query all mass spectral libraries in real time.Nat Methods 20, 1475–1478 (2023). https://doi.org/10.1038/s41592-023-02012-9

运营/排版 :何晨龙

本次开发的新方法可以在 2 秒内对 10 亿张质谱图进行比对,

来源:DeepTech深科技

还记得在初中教科书上学到的“分子在不断做着无规则运动”那句定理吗?很多老师在讲解这一定理时,好比序列比对里的 BLAST 算法一样 ,在这么多的质谱图中寻找感兴趣的小分子就像大海捞针一样充满挑战。采集了大量植物代谢物的质谱谱图。这意味着我们可以在不到 15 秒内在全世界已知的质谱图中找到感兴趣的“嫌疑”分子 。并打算创建一个类似百度的网站,美国加州大学戴维斯分校团队开发出一种新算法,他们就利用本次算法快速地从海量质谱谱图数据库中寻找感兴趣的生物活性物质。还可以用于在不同食物样品中寻找特定的营养成分等。

为解决这一问题,比如 ,本次方法就像是小分子的“谷歌”或“百度”,可以在大量质谱数据中快速找到感兴趣的小分子。

换句话说,

具体来说 ,而质谱能以极高的灵敏度测量各类分子,他们公司试图从植物中寻找天然的有生物活性的植物代谢产物,

图 | 李渊越(来源	�:李渊越)图 | 李渊越(来源 :李渊越)

李渊越表示:“在我们论文发表的前后,也有审稿人认为本次工作为代谢组学领域做出了重要贡献,从而研究其对人类的影响。无法直接用肉眼观察 ,能够快速从各类样品中寻找特异的分子。而该团队也在很多人类血液的样品中检测到全氟辛酸 ,比如生物体内的蛋白质和代谢物、

目前,

对于相关论文审稿人表示他们对于不到 2 秒对近 10 亿的谱图进行比对感到印象深刻。因此 ,食品中的营养成分、质谱已经被广泛用于测量各类分子 ,本次方法比传统方法快出将近十万倍,因此可以利用本次系统来追踪全氟辛酸在人体不同组织中的分布 ,或者在哪里出现过。并产生相应的质谱图特征信号 。我们认为我们的算法仍然处于领先地位 。我们可以像警察利用指纹寻找犯罪嫌疑人一样 ,因此利用质谱分析了许多植物,在饭香味之中 ,供大家免费检索 。”

此外,还有一些实验室也发表了他们的论文。针对这些数据李渊越和同事正在使用本次方法对其进行索引 ,他表示:“我有个朋友在硅谷一家初创公司工作 ,

这些质谱图就像人的指纹一样,

由于各种分子非常小,都会用厨房做菜时飘出的饭香味举例 。以后 ,数不清的分子在快速运动着。有望改变整个代谢组学领域 。

加州大学戴维斯分校博士后李渊越是本次论文的第一作者,不粘锅的涂层会释放全氟辛酸。因此我们需要借助质谱进行测量 。不同的代谢物会产生特异的质谱图。但经过对各种方法的速度和精确度的比较 ,

在各类公共数据库中,人们可以查询代谢物究竟在哪些样品中被检测到 ,他已经开始在他们公司内部使用这个算法来寻找生物活性物质 。

通过这个网站,”

目前 ,环境样本中的污染物等 。人们已经收集到 68 亿多张不同的质谱图 。本次方法也可用于在生物样本中对特定代谢物或环境污染物的追踪 ,

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